W końcu 1880 roku sobór św. Trójcy w Warszawie stał się zbyt mały dla stale wzrastającej liczby prawosławnych wiernych. Dwie nowo wybudowane cerkwie w cytadeli i na Pradze nie rozwiązywały problemu. Dlatego też pozytywnie zaakceptowano projekt budowy nowego monumentalnego katedralnego soboru w centrum miasta, na Placu Saskim, który z tego powodu przemianowano na Plac Soborny. Kamień węgielny pod budowę położono 30 sierpnia 1894 roku. Uroczystość celebrował o. Jan Kronsztadzki, który jak pamiętamy ofiarował na budowę kwotę 135 tys. rubli. Architekt Benoit zaprojektował świątynię w stylu rostowskich cerkwi XVII wieku. Główną bryłę cerkwi zwieńczało pięć kopuł i jedna nad głównym wejściem. Dzwonnicę zlokalizowano oddzielnie naprzeciwko soboru. Ściany zewnątrz pokryto mozaiką. W dniu zakończenia prac, 9 listopada 1900 roku, na głównej kopule umieszczono czteroramienny krzyż. Katedra posiadała trzy ołtarze: główny św. Aleksandra Newskiego i boczne św. Mikołaja Cudotwórcy i św.św. Cyryla i Metodego. Ściany i kolumny wewnątrz upiększono mozaikami wykonanymi według rysunków Bruniego, Riabuszkina, Sudkowskiego, Koszelewa i Dmitraszki z petersburskiej pracowni Frołowa. Największa z mozaik O Tiebie radujetsia miała powierzchnie 100 m2. Wnętrze ozdabiało 16 jaspisowych kolumn ofiarowanych przez cara Mikołaja II. Do wykończenia wnętrza użyto carrarskiego marmuru w różnych kolorach i fińskiego granitu. Ikonostas wykonano z blachy miedzianej. Ikony w ikonostasie malowali malarze Gurianow i Charłamow. Ikonę patrona cerkwi ofiarował moskiewski fabrykant i mecenas sztuki Sawa Morozow. W soborze wykorzystano wszelkie nowinki techniki tego okresu ; centralne ogrzewanie i oświetlenie elektryczne. Wewnątrz mogło pomieścić się 2500 osób. Koszt budowy gmachu wyniósł 15 milionów rubli, a koszt wyposażenia wnętrza przekroczył kwotę 3 milionów. Dzwonnica, przypominającą największą moskiewską dzwonnicę na Kremlu, wznosiła się nad placem na wysokość 73 metrów. Na górze dzwonnicy urządzono platformę widokową. Z dzwonnicy rozciągał się widok na panoramę miasta i okolic do trzydziestu wiorst. Dzwony odlane zostały w Moskwie. Ich łączny ciężar wynosił 40 ton. Największy z nich ważył 26,5 tony. Do rozkołysania serca o wadze 1 tony potrzeba było pięciu osób.Na parterze dzwonnicy urządzono kaplicę. Uroczyste wyświęcenie soboru odbyło się 20 maja 1912 roku. W trakcie uroczystości arcybiskup Mikołaj powiedział m.in.: Twórcy świątyni nie planowali w swoim zamyśle niczego wrogiego wobec otaczającego nas katolicyzmu. Gwałt i nieprawda nie leżą w naturze prawosławia. Tu zawsze będziemy wznosić modlitwy o pokój całemu światu, stąd będą unosić się słowa miłości, przebaczenia i przymierza. Obce będzie uczucie nienawiści, obłudy i zemsty. Z drugiej strony w tych dniach często wspominano słowa wypowiedziane przez o. Jana Kronsztadzkiego: …skończy się jego istnienie od razu z końcem panowania Rosji w Polsce. Niestety, to proroctwo spełniło się już w ciągu trzech lat. Przed ewakuacją Rosjan z Warszawy w sierpniu 1915 roku z soboru wywieziono ikony i dzwony. Największy dzwon, z uwagi na rozmiary łuków, został pocięty na części. Po zajęciu miasta przez Niemców urządzono w soborze kościół garnizonowy św. Henryka. Piętnastego stycznia 1916 r. odprawiono tu pierwszą katolicką mszę, a po tygodniu pierwsze protestanckie nabożeństwo. Przez cały okres okupacji niemieckiej w soborze odbywały się nabożeństwa dwóch konfesji. Wewnątrz Niemcy urządzili nowy ołtarz i zamontowali organy. W niepodległej Polsce planowano sobór przebudować na kościół katolicki lub muzeum niepodległości. Jednak przeważały głosy, które zadecydowały o jego zburzeniu, jako symbolu rosyjskiego uciemiężenia. Decyzję zburzenia soboru przyśpieszyła wojna polsko – bolszewicka. Sądzono, że widok złotych kopuł prawosławnej świątyni, górujących nad Warszawą, może dodać bodźca rosyjskim żołnierzom szturmującym stolicę. Rozbiórka soboru rozpoczęła się w 1920 roku i zakończyła się dopiero w roku 1926, pomimo szerokiego wykorzystywania materiałów wybuchowych. Niemniej cześć mozaik zdołano uratować. W 1932 roku umieszczono je w nowo wybudowanej cerkwi Opieki Matki Bożej w Baranowiczach. Przeniesieniem sześciu mozaik kierował jeden z ich autorów – Bruni. Kilka fragmentów mozaiki umieszczono w cerkwi na Pradze. Niektóre utensylia znalazły się w innych cerkwiach. Jaspisowe kolumny wykorzystano do budowy grobowca marszałka Piłsudskiego w Krakowie.